Η στοχευμένη φυσικοθεραπεία μπορεί να δώσει σημαντικά αποτελέσματα σε διάφορους τύπους πονοκεφάλων, όπως ο πονοκέφαλος τύπου τάσης, ο αυχενογενής πονοκέφαλος  και οι επώδυνες κρανιακές νευραλγίες.

Κοινός παρονομαστής σε αυτές τις κατηγορίες πονοκεφάλου είναι η συχνή εμπλοκή αυχενικών και κρανιακών μυών, αυχενικών αρθρώσεων και αυχενικών ή κρανιακών νεύρων. Κατά αυτόν τον τρόπο δια χειρός τεχνικές ή αλλιώς τεχνικές manual therapy που εφαρμόζονται σε αρθρώσεις ή μύες του αυχένα μπορεί να έχουν πολύ ευεργετικά αποτελέσματα στη συμπτωματολογία.  Τα τελευταία χρόνια έχει αναδειχθεί ως κομβικός ο ρόλος των trigger points ή μυοπεριτονιακών σημείων πυροδότησης πόνου. Αυτά είναι επώδυνα και σφιχτά σημεία σε αυχενικούς και κρανιακούς μυς που «αντανακλούν» πόνο στο κεφάλι.

Παράλληλα, μια ολιστική διαχείριση πονοκεφάλου πρέπει να διερευνήσει εργονομικά προβλήματα κατά τη χρήση υπολογιστή ή οθονών, προβλήματα όρασης, προβλήματα στις μασητικές αρθρώσεις,  καθώς και  προβλήματα σύγκλισης της οδοντοστοιχίας.