Η Φυσικοθεραπεία είναι αναπόσπαστο κομμάτι κατά την αποκατάσταση των αθλητικών κακώσεων.  Ο ταχύτερος δυνατός χρόνος αποκατάστασης είναι εξαιρετικά σημαντικός ειδικά σε επαγγελματίες αθλητές.

Ενδεικτικές περιπτώσεις αθλητικών κακώσεων είναι:

• Οι μυϊκές θλάσεις, όπως του τετρακέφαλου μυ και των οπίσθιων μηριαίων μυών.
• Οι τενοντίτιδες, όπως η τενοντίτιδα Αχιλλείου και του υπερακάνθιου τένοντα. 
• Οι τραυματισμοί μηνίσκων, όπως του έσω και του έξω μηνίσκου του γόνατος.
• Οι τραυματισμοί συνδέσμων, όπως του έσω πλαγίου συνδέσμου του γόνατος και τα διαστρέμματα ποδοκνημικής. 
• Τα μυοπεριτονιακά σύνδρομα που εμφανίζονται κυρίως μέσω trigger points.
• Τα προβλήματα  σπονδυλικής στήλης, όπως κατά τον εκφυλισμό μεσοσπονδύλιων δίσκων.

Η φυσιοθεραπευτική προσέγγιση των αθλητικών κακώσεων προσαρμόζεται ανάλογα με το στάδιο της διαδικασίας αποκατάστασης:

Οξύ και Υποξύ Στάδιο

• Στο Οξύ και υποξύ στάδιο σημαντική είναι η αποφόρτιση των ευπαθών δομών. Σε αυτό το κομμάτι ζωτικής σημασίας αποτελούν οι τεχνικές κινητοποίησης, που ονομάζονται εναλλακτικά ως manual therapy, χειροπρακτικές ή δια χειρός τεχνικές.
• Η εφαρμογή επιδέσεων και περιδέσεων (rigid ή kinesiological tape).
• Η εφαρμογή μη φαρμακευτικών  αναλγητικών μέσων, όπως TENS, Ηλεκτροβελονισμός, Dry Needling θα βοηθήσει επιπρόσθετα στην ταχύτερη χρήση των τραυματισμένων μελών.
• Πρόγραμμα άσκησης που μπορεί να εφαρμοστεί σε μη τραυματισμένες περιοχές για τη διατήρηση της μυϊκής δύναμης και της αερόβιας ικανότητας του αθλητή.

Στο Χρόνιο Στάδιο

• Ίσως το πιο σημαντικό σημείο στη διαδικασία αποκατάστασης είναι η σταδική ενδυνάμωση και βελτίωση της φυσικής κατάστασης για την επιστροφή στις αθλητικές και αγωνιστικές δραστηριότητες. Θα πρέπει να σχεδιαστεί ένα πρόγραμμα που:  
  αφενός αποτρέπει τον  επανατραυματισμό, ενώ σταδιακά θα μεγιστοποιεί την αντοχή των ιστών και την αθλητική επίδοση.  
  Σημαντική παράμετρος στη διαδικασία της θεραπευτικής άσκησης είναι η επανεκπαίδευση του κινητικού ελέγχου (Motor Control) της αθλητικής τεχνικής για την αποφυγή μελλοντικών υποτροπών.  Για την επίτευξη αυτού του στόχου σημαντικές είναι οι πληροφορίες ανάλυσης κίνησης που συλλέγονται μέσω κλινικών δοκιμασιών ή ειδικού τεχνολογικού εξοπλισμού. Το πρόγραμμα αποκατάστασης ολοκληρώνεται μέσα από την λειτουργική επανεκπαίδευση των μυών σε διαφορετικές συνθήκες  και την ενίσχυση της ιδιοδεκτικότητας, προετοιμάζοντας έτσι την επιστροφή στην αγωνιστική δράση.